Un gène qui transforme les bactéries en superbactéries se propage dans les hôpitaux et les fermes.

En 2003, une équipe de scientifiques a fait une découverte alarmante dans l'urine d' un patient d'un hôpital japonais : une souche de bactérie Escherichia coli portant un gène jusqu'alors inconnu qui rendait le microbe résistant à tout un groupe d'antibiotiques. Les chercheurs japonais ont baptisé ce fragment inquiétant de matériel génétique npmA, transformant le micro-organisme en une superbactérie immunisée contre les aminosides, une famille de médicaments dont certains sont bien connus, comme la streptomycine et la gentamicine. Le microbiologiste Bruno González Zorn explique que depuis lors, npmA est devenu un « fantôme » qui se propage silencieusement. Son équipe a analysé deux millions de génomes bactériens et a détecté qu'une variante du gène, npmA2, s'est propagée dans les hôpitaux et les fermes et a atteint au moins six pays. Cette adaptation bactérienne, combinée à d'autres, peut rendre certaines infections « pratiquement incurables », prévient González Zorn.

L'émergence de microbes résistants aux médicaments est « l'une des menaces les plus urgentes » pour l'humanité, ont averti les chefs d'État et de gouvernement réunis au siège des Nations Unies à New York le 9 septembre 2024. Il y a un peu plus de cinq ans, l'Organisation mondiale de la Santé recensait 1,3 million de décès directement imputables à des bactéries résistantes aux médicaments. Un enfant de moins de cinq ans sur cinq était décédé. Le gène npmA2 est une nouvelle arme capable de se propager d'un microbe à l'autre.

« Nous avons détecté un début de dissémination mondiale », explique González Zorn, professeur à la Faculté de médecine vétérinaire de l'Université Complutense de Madrid. Son équipe a identifié le gène au Royaume-Uni, en Allemagne, aux États-Unis, en Australie, en Chine et en France, principalement chez la bactérie Clostridioides difficile , responsable de diarrhées potentiellement mortelles chez les patients affaiblis. « Normalement, les mécanismes de résistance ne confèrent pas de résistance à une famille entière d'antibiotiques. Il n'existe pas de mécanisme de résistance unique à toutes les pénicillines ou à toutes les tétracyclines, mais ce mécanisme confère une résistance à toute la famille des aminosides », explique González Zorn, conseiller auprès de l'Organisation mondiale de la Santé.

Leur étude a analysé les génomes de la base de données internationale AllTheBacteria . Les résultats montrent que la présence du gène est encore « rare », avec une centaine de détections chez la bactérie Clostridioides difficile , soit 0,34 % des bactéries examinées. Le gène a également été détecté dans un hôpital néerlandais lors d'une épidémie d' Enterococcus faecium , un microbe pouvant provoquer des infections mortelles chez les patients hospitalisés. Des scientifiques de sept institutions, dont l'Institut Pasteur français et l'Université britannique de Cambridge, ont collaboré à cette étude, publiée jeudi dans la revue Nature Communications .

« Nous devons agir dès maintenant pour détecter le gène à un stade précoce », déclare González Zorn. « Nous détectons souvent de nouveaux gènes après leur apparition dans de nombreuses unités de soins intensifs de nombreux pays , et il est déjà trop tard . Cependant, cette fois, nous avons constaté qu'il se propage silencieusement et qu'il n'est pas présent en Espagne. C'est le moment idéal pour développer des outils permettant de le détecter et de l'empêcher de se propager. Ou du moins de pouvoir le détecter tôt afin d'isoler les patients et de savoir contre quoi nous luttons », ajoute le microbiologiste. « Si nous l'avions détecté dans 20 ou 30 unités de soins intensifs espagnoles, cela aurait été une catastrophe ; il aurait été trop tard. Heureusement, nous avons encore le temps de le combattre, mais nous devons agir maintenant. »

Rafael Cantón , chef du service de microbiologie de l'hôpital Ramón y Cajal de Madrid, est bien conscient du danger des superbactéries. Il a commencé à y travailler en 1988, lorsque des tests en laboratoire ont indiqué que les microbes étaient sensibles à une grande variété d'antibiotiques. Depuis, la surconsommation de médicaments a entraîné l'émergence de souches résistantes, même à tous les médicaments disponibles . « Les aminosides sont des antibiotiques largement utilisés en association avec d'autres, notamment dans le traitement de la tuberculose ou contre les bactéries responsables de pneumonies sous ventilation mécanique dans les hôpitaux. Je suis préoccupé [par la propagation mondiale du gène npmA2] car nous continuons de perdre des groupes de familles d'antibiotiques », déplore Cantón.